2009年4月，经北京市人民政府批准，北京市国有资产监督管理委员会决定，对北京三元集团有限责任公司、北京华都集团有限责任公司、北京市大发畜产公司实施重组，2009年5月16日北京首都农业集团有限公司正式挂牌。

首都农业集团资产总额150亿元，员工近4万人，国有全资及控股企业65家，中外合资合作企业25家，境外公司2家;其中北京三元食品股份有限公司（600429）为上市公司。

首都农业集团在畜禽良种繁育、养殖、食品加工、生物制药、物产物流等方面具有行业明显优势，业已形成“从田间到餐桌”的完整产业链条，拥有5家国家级重点农业产业化龙头企业和“三元”、“华都”、“双大”三个“中国名牌”，具有较强的行业引领力和辐射带动力。

首都农业集团将紧紧围绕首都经济发展内涵，大力发展现代农牧业、食品加工业和物产物流业。在提高综合生产能力和经济效益的同时，强化服务“三农”的意识和社会责任，成为提供绿色健康食品的、在国内同行业具有龙头地位的、首都标志性的都市型现代农业产业集团。
销售网络覆盖北京各城区、郊县及石家庄、上海、深圳、福州、天津、太原等50多个省市；目前已建成了与国际接轨、在国内处于领先地位的液态奶、发酵奶、固态奶、科研培训中心四大基地。公司日处理鲜奶达1000余吨。北京三元食品股份有限公司于2000年3月通过ISO9001国际质量体系认证，严格的质量控制体系保证了产品的精良品质。4名博士、20名硕士及200余名科技管理人员使公司具有强大的新品开发和技术储备能力，为市场开拓和公司发展提供了强有力的技术保障。